1. 電子收文：所有流程均在線上簽擬，文書組不提供紙本，判行後，在線上送文書組結案即可。
2. 紙本收文：所有流程均在線上簽擬，文書組除將公文掃瞄成電子檔案外，無法掃瞄之實體附件將送交承辦單位登記桌，承辦單位於簽擬時，應將實體附件一併陳閱，判行後，在線上送文書組結案。

1. 電子發文及無附件之公文：於判行後，送文書組核校後發文即可。
2. 紙本發文之公文：對外行文，若屬傳送型態：紙本傳送者，於判行後，除將紙本函稿（含附件）送文書組發文外，於公文系統上仍須按〔送文書組發文〕鈕來勾送文書組發文。
3. 對外發文之公文，若於下午3時30分前送文書組發文，則文書組當天處理，若逾下午4時，則文書組隔天處理。
4. 為使本校公文流程單純化，本校之電子公文系統自95年1月16日起，取消電子文與紙本文並行之作業方式。

外來文（收文）仍將採目前作業方式：自創簽稿（創簽、函、書函、公告（內）、開會通知單（內））也就是簽呈及函（稿），一律以電子傳送為主，惟有下列情形之一者，方可採紙本傳送，並不用作電子傳送。(95/06/21總文字第002號)

1. 公文屬密等者。
2. 公文任一附件不能或無法掃瞄成電子檔案者。
3. 公文附件檔案總容量超過1MB者。(95/06/21總文字第020號)，已在107年後已提高為2MB，請依據義守大學電子公文線上簽核作業要點規定辦理
4. 公文任一附件須用印者。

請各單位在公文判行後，儘快將公文送文書組結案或發文，避免延誤時效，文書組將每月將各單位承辦公文之件數、處理時效及逾期件數陳核總務長。

簽辦意見欄控管：為使本校電子公文系統權責更明確，凡「簽辦意見」欄，未簽擬意見者，將無法作「傳送」或「判行」之動作。(94/11/24總文字第066號)

公文E-MAIL通知說明：(94/11/24總文字第066號)(109/4/20更新)

1. 到件通知
2. 電子公文退文通知
3. 電子公文判行通知
4. 逾期2天未簽核
5. 代理公文
6. 登記桌逾期1天未處理公文通知。
7. 主管6、12、18時電子公文到件通知。
8. 主管18時電子公文判行通知。

各單位於業務上若有屬機密性質者，可領取機密信封(95/07/28總文字第025號)

各單位於業務上若有屬機密性質者110年8月1日起，請承辦人可至耗材申請專區申請後核准後再至文書組領取機密信封。(110年7月22日(110)總文字第002號)